Non tutte le Crociate furono contro i musulmani. Alcune si svolsero in Europa.
La più nota travolse gli albigesi (da Albi, cittadina della Francia del Sud), giudicati eretici dalla Chiesa e chiamati “càtari” (dal greco katharói, “puri”) per la loro vita ascetica e povera, scelta in polemica con le alte gerarchie: rifiutavano in toto i beni materiali e tutte le espressioni della carne. E sostenevano un dualismo in base al quale il re d’amore (Dio) e il re del male (Rex mundi) rivaleggiavano per il dominio delle anime umane.
Contro di loro, nel 1208 papa Innocenzo III indisse una crociata e offrì a chi partecipava le stesse indulgenze concesse a chi combatteva in Terrasanta.
Ci furono anche la “Crociata del Nord” contro i pagani baltici e quella contro gli eretici hussiti in Boemia (1420).
Secondo alcuni storici, anche Erik il Santo organizzò una crociata per evangelizzare la Finlandia nel 1150, sebbene non ci siano prove della spedizione militare.